В 1207 г. старший сын Чингис-хана Джучи прошел через территорию Тувы во главе многочисленного войска на завоевание «лесных народов». Среди так называемых «лесных народов» были не только таежные жители, но и население степных районов Верхнего Енисея и Прибайкалья.
Среди покоренных «лесных народов» древнемонгольская хроника «Сокровенное сказание» упоминает тубасов, издавна населявших Восточные Саяны, включая современную Северо-Восточную Туву. Китайская летопись «Тан шу» называет их «дубо». Мусульманским средневековым источникам население Восточных Саян было известно под названием «лесных урянкатов». Жители этой части Тувы занимались главным образом охотой, рыболовством и собирательством. Основным объектом охоты были копытные животные — олень, лось, косуля, марал. Разводили оленей, которых использовали главным образом как вьючных животных, но были знакомы и с коневодством. Жили в чумах, которые летом покрывали берестой, а зимой шкурами животных. Когда выпадал глубокий снег, пользовались лыжами. Этнически жители Восточных Саян в монгольское время вряд ли были однородны, они включали, по-видимому, самодийскоязычные, кетоязычные и тюркоязычные группы. Но тюрко-язычные группы, этнически близкие уйгурам, по всей вероятности, доминировали. Господствующий у населения Восточных Саян этноним «туба» позднее стал самоназванием всех тувинцев (туба-тува-тыва).
Население степных районов Тувы вело скотоводческое кочевое хозяйство, сочетавшееся с земледелием (в небольших размерах) и охотой. В стадах преобладал мелкий рогатый скот. Основным жилищем служила переносная юрта, покрывавшаяся войлоком. На зимниках жили в примитивных срубах. Степное население Тувы было преимущественно тюркоязычным и состояло из нескольких племен, в числе которых были как местные племена, так и потомки алтайских тюрков — уйгуров и кыргызов, завоевавших Туву во второй половине I тыс. н.э. у тувинцев до недавнего времени сохранились древние этнические названия — «тюлюш», «уйгур», «кыргыз», «соян». Эти и другие этнические группы с подобными названиями населяли Туву в XIII—XVI вв. Туматы — одно из крупных и воинственных племен в XIII в. — жили, по всей вероятности, на территории Юго-Восточной Тувы. Туматы дважды поднимали восстание против завоевателей, но были почти поголовно перебиты монголами. Память о некогда населявших Туву туматах поныне хранит название одного из хребтов в Юго-Восточной Туве — Тумат-тайга.
Во время нашествия монголов население Тувы и Минусинской котловины составляло, по-видимому, государство, названное в летописи Рашид-ад-дина одним владением «Киргиз и Кэм-кэмджиут». Кэм-кэмджиут — это несомненно Енисей (его древнее название Кэм, или Хем). В этих областях, писал Рашид-ад-дин о стране Киргиз и Кэм-кэмджиут, было много городов и селений. Говоря о них, Рашид-ад-дин имел, вероятно, в виду оседлые поселения, появившиеся в Туве еще в VIII—IX вв. в период господства здесь уйгуров, а также военно-пахотные поселения, созданные в Туве монголами из насильственно переселенных ими на Верхний Енисей земледельцев. Для того чтобы закрепиться, завоеватели не только уничтожали и высылали непокорных местных жителей, но уже в начале XIII в. стали насильственно колонизировать захваченные территории. С этой целью создавались военно-пахотные поселения, в которых поселяли значительные количества захваченных в плен и угнанных на север земледельцев. Ряд военно-пахотных поселений был создан на территории современной Тувы. Первые сведения о них относятся к 1220 г. Чанчунь, будучи в то время на р. Орхоне в Монголии, писал о стране Кянь-чжоу, где, по его словам, добывалось хорошее железо и водилось много белок; жители этой страны также сеяли пшеницу. В ней было много ремесленников, которые изготовляли шелковые материи, парчу и цветные ткани. Так появились в Туве при монголах уже в самом начале XIII в. поселки земледельцев.
Областью Кянь-чжоу (т.е. «Енисейской») в XIII—XIV вв. назывались, по всей вероятности, Улуг-Хемский и Чаа-Хольский районы современной Тувы. Главным центром ее был, по-видимому, город, остатки которого исследованы в урочище Оймак, в 25 км к юго-востоку от г. Шагонара, на левом берегу Ул.уг-Хема.
Второй такой район назывался Илан-чжоу, т.е. «Змеиная область», которая, вероятно, располагалась по берегам р. Элегеста, где исследованы остатки четырех разновременных городов. Из них два города находятся в районе современного пос. Кочетово (городища Ден-Терек и Межегейское). Кроме того, поселение того же времени обнаружено к востоку от с. Бай-Хака у дер. Сосновки.
Города эти не имели крепостных стен. Отсутствие укреплений, как свидетельствуют источники, закономерно для городов, сооружавшихся монголами на завоеванных землях.
Жилищем рядового поселенца служил прямоугольный дом каркасной (столбовой) конструкции с деревянными стенами, обмазанными с обеих сторон глиной и оштукатуренными алебастром. По трем его стенам располагалась обогреваемая лежанка — кан, внутри которой проходили сложенные из плит каналы-дымоходы. На канах лежали тростниковые циновки. Пол таких помещений глинобитный, а потолок перекрыт крышей из тростника и соломы или из желобчатой черепицы. У зажиточных горожан дома имели крышу из хорошо обожженной черепицы в виде желобов и узких полуцилиндров, а на белой штукатурке их стен встречаются росписи.
Наиболее богатые здания имели от трех до пяти смежных комнат, расположенных анфиладой. Каркасные стены здании возводились на кирпичном фундаменте а их колонны опирались на квадратные каменные базы с круглыми «подушками» сверху. Такие здания имели спальни с кирпичными каналами и приемные залы, обогреваемые жаровнями. Кухни размещались в особых пристройках.
Административные здания состояли из одного парадного зала с колоннадой из деревянных столбов, опиравшихся на каменные квадратные базы с круглыми «подушками». Как и буддийские храмы, они имели входные портики с южной стороны и крыши из богато украшенной черепицы. По краям крыша состояла из черепичных желобов и полуцилиндров с круглыми налепами, на которых были оттиснуты штампами личины рогатых и Клыковых демонов. Коньки и углы крыш украшались скульптурными группами из обожженной глины в виде больших извивающихся драконов с разверстыми пастями, фениксов — «птиц счастья», изображений холодного пламени и разнообразных животных. Стены таких зданий поверху покрывались облицовочными плитами с рельефными изображениями драконов.
В городах располагались также металлургические, кузнечные, гончарные и другие мастерские.
Посреди центральных площадей городов стояли четырехгранные каменные стелы на искусно изваянных из песчаника черепахах. На таких стелах вырезались тексты указов.
Почти во всех городах находились буддийские храмы, часовни и пагоды, чаще всего в особых дворах с глинобитными стенами и пристройками, в которых жили буддийские монахи. В XIII—XIV вв. буддизм впервые проник в Туву с поселенцами. Храмы имели квадратные залы (с колоннадами) для богослужений. Здесь на особых пьедесталах восседали вылепленные из глины статуи буддийских божеств, расписанные по алебастровой подгрунтовке различными красками с преобладанием позолоты. На городище Оймак найдены остатки статуи Будды, изваянной из серого гранита, а также высеченная из песчаника буддийская львинообразная химера.
К этому же времени, по-видимому, относится высеченная в скале близ устья р. Чаахоль буддийская часовня в виде ниши с изображением Будды, двух бодисатв и двух стражей, стоящих в устрашающих позах. В других районах Тувы известны нарисованные красками на скалах изображения будд и субурганов.
Возле двух городов (Ден-Терек и Оймак) обнаружены кладбища с наземными каменными статуями чиновников, львов и баранов, стоящих парами и образующих проход, ведущий к могилам. На одном из них (Чурумал близ Оймака) найден развитый граненый обелиск с надписью, вероятно с биографией умершего. Известны многочисленные находки иероглифических и монгольских надписей на уйгурском алфавите на скалах, обелисках и других предметах.
В раскопанных жилищах обнаружен каменный уголь, которым отапливались зимою каны. При остатках металлургических мастерских найдено много кокса, выжженного, как показали анализы, из элегестинского угля. В заброшенных ныне Межегейских шахтах на правом берегу р. Элегеста обнаружены древние штольни, которые по найденной там посуде относятся к XIII—XIV вв., и, кроме того, остатки поселка, в котором жили шахтеры того времени. Уголь добывали тогда и открытым способом в горах по правому берегу Улуг-Хема близ Эрбека.
Анализы найденных кусков железной руды и металлургических шлаков показали, что использовались разные руды, добывавшиеся рудокопами в рудниках Тувы. Это соответствует указанию Чанчуня, что в стране Кянь-чжоу «добывается доброе железо».
Рудокопы в то время уже добывали соль в Дус-Даге (Соляной горе) близ оз. Убсанур, которую через перевалы в верховьях Элегеста и Торгалыка доставляли в Кянь-чжоу и Илан-чжоу.
Многочисленные находки, обнаруженные при раскопках городищ XIII—XIV вв., свидетельствуют, что это были центры ремесленного производства. Металлурги не только получали железо в глиняных сыродутных горнах, но, вероятно, выплавляли чугун в небольших домницах с использованием кокса. Они же плавили золото и серебро в особых небольших глиняных тиглях. Кузнецы изготовляли разнообразные железные изделия, начиная от гвоздей, ножей и ножниц до оружия и земледельческих орудий. Гончары применяли ножной круг, на котором в большом количестве изготовляли серые сосуды разных форм, от больших глиняных бочек до изящной столовой посуды. В быту горожан были разнотипные по форме и привозные разноцветные глазурованные сосуды, а также чаши из высококачественного селадона, фарфоровая и стеклянная посуда.
Каменотесы изготовляли жернова для мельниц разнообразных размеров (диаметром от 14 см до 2 м), статуи божеств, надмогильные статуи людей, животных, обелиски и стелы с надписями, высекали в скалах буддийские ниши. Большое развитие получило ткацкое ремесло, тканье «шелковых материй, флера, парчи и цветных материй». Работали также мастера-косторезы.
Сеяли пшеницу, ячмень, просо и другие культуры. Земледелием здесь занимались и местные тюркоязычные племена, у которых земледелие, основанное на искусственном орошении, было развито в предшествовавший период (IX—XII вв.). По летописи «Юаньши», земледелием в Кянь-чжоу занимались местные кыргызы, жившие в тех же военно-пахотных поселениях, созданных монголами. К тому времени относятся находки железных кетменей, удобных для расчистки каналов и пуска воды на поля. Пахали плугами с железными и бронзовыми лемехами и чугунными чечевицеобразными отвалами. На одном из поселений найдены два бронзовых лемеха и четыре отвала от плугов, один из них имеет надпись с датой изготовления — 1286 г. Найдены также обломки железных серпов. Для помола употребляли различной величины ручные жернова (плоские с насечками), а также местные небольшие зернотерки, вероятно, для изготовления толокна. Есть и каменные большие песты для ступ-крупорушек, подобные современным хакасским и тувинским.
Население городов и поселений занималось также животноводством, охотой и рыбной ловлей. При раскопках найдены кости крупного и мелкого рогатого скота, лошадей, верблюдов, собак, сибирской косули, оленей, лисиц, рыб и однажды домашнего осла. Особенно следует отметить кости свиньи.
В ходу были медные монеты, преимущественно выпущенные в конце XII в. чжурчженьской династией Цзинь.
В большом количестве представлены находки железных шестеренкообразных цунов (втулок к осям) от характерных тогда для монголов больших телег, на которых у них часто стояли перевозившиеся с места на место юрты. На них перевозилось также армейское снаряжение.
Таким образом, жители городов и поселений производили в значительном количестве различные материальные блага, которыми пользовались монгольские феодалы. Все это было необходимо для материального обеспечения их новых завоевательных походов и, конечно, для удовлетворения их потребностей.
В Туве в начале XIII в. появились и торговые фактории мусульманских купцов, которые в XII-XIV вв. развили торговую деятельность в Центральной Азии и Южной Сибири. Чанчунь, находясь на Орхоне, писал, что мука приходит сюда из-за северных гор, более чем за 200 ли, ее доставляют вьюками на верблюдах. В урочище Саадак-Терек на правом берегу Хемчика (близ устья Барлыка) археологами обнаружено и исследовано кладбище стоявшей здесь фактории. Все погребения совершены по мусульманскому обряду, а погребенные по антропологическому типу оказывались европеоидами.
Нашествие монгольских феодалов причинило большие бедствия населению Тувы: было истреблено и выселено из Тувы много ее коренных жителей - отдельные племена, выступавшие против завоевателей, были почти целиком уничтожены. Утратились многие достижения культуры домонгольского времени. Вместе с тем в XIII—XVI вв. в Туве произошли крупные этнические изменения. Местные племена восприняли многие черты монгольской материальной культуры, в язык местного населения вошло значительное число монгольских слов. Ряд монгольских этнических групп, поселившихся на территории Тувы, смешался с местным, населением. В XIII—XVI вв. в Туве начинает преобладать центрально-азиатский антропологический тип.
В конце XVI в. тувинцы оказались в зависимости от небольшого монгольского государства Алтын-ханов, возникшего на территории Халхи в процессе феодального дробления монголов. Тувинские племена кочевали тогда не только в пределах границ современной Тувы, но и южнее — вплоть до Кобдо, а восточнее — до оз. Косогол. Некоторые из них, как например мады, кужугеты (по-русски кучугуты), оортаки (по-русски орчаки), появились в степях неподалеку от Томска, близ Кузнецка, в бассейне правобережья верхнего течения Оби, где вступили в контакт с телеутами. Другие из них проникали на Алтай в окрестности Телецкого озера. Положение тувинцев в составе государства Алтын-ханов было очень тяжелым. Они платили феодалам большие натуральные налоги - скотом, пушниной, изделиями домашнего производства, были обязаны нести воинскую и гужевую повинности. Алтын-хан считал себя полным хозяином не только имущества, но и жизни подвластных ему племен.
Основой хозяйства тувинцев продолжало оставаться пастбищное скотоводство в сочетании с орошаемым земледелием и охотой. Разводили лошадей, овец, коз, крупный рогатый скот, в том числе и сарлыкон (яков), а северо-восточные тувинцы разводили оленей. Сеяли в небольшом количестве просо и ячмень близ весенних и осенних пастбищ, обрабатывали землю примитивной деревянной сохой, снабженной железным наконечником. Промышляли пушного зверя и крупных животных — косуль, маралов, лосей, оленей, а в горных степях — тарбаганов (сурков). Основным оружием были лук и стрелы. Жили главным образом в войлочных юртах, а в лесных районах — в конических шалашах, покрытых берестой или корой лиственницы. Одежда была запашной, в виде длиннополого халата из различной ткани, покупаемой у приезжавших сюда торговцев из Средней Азии, Китая. Зимней одеждой служила длиннополая шуба из овчины, подпоясываемая кушаком. Характерной обувью были кожаные сапоги с острым загибающимся вверх носком, на толстой подошве, без каблука, внутрь вкладывались чулки из войлока. Молочная в летнее время была главной. Она употреблялась в виде кислого молока, сыра, масла. Зимой преобладала мясная и хлебная пища в виде похлебки из зерен ячменя, приправленной мясом. Верховой и вьючный транспорт был существенным способом передвижения. Вьючили не только лошадей, верблюдов, оленей, но и быков, особенно сарлыков. Лодок не делали, но при переправах через реки иногда пользовались наспех скрепленными плотиками.
Общий уровень культуры рядовых тувинцев был довольно низким. Оседлые поселения уже полностью исчезали. Население жило небольшими аулами и было поголовно неграмотным. Своей письменности и литературы не было. Однако весьма развито было устное народное творчество (фольклор), особенно героический эпос, в сказаниях которого ярко отражалась народная жизнь во всей ее полноте. Накопленные народные знания передавались из поколения в поколение изустно и практическим путем. У тувинцев был хорошо развит народный календарь, суточное исчисление времени по солнцу, исчисление времени года по фенологическим наблюдениям. Развито было народное изобразительное орнаментальное искусство, отдельные памятники которого обнаруживаются иногда при археологических раскопках. По религии тувинцы в рассматриваемое время были шаманистами, хотя к ним уже начинал проникать ламаизм, который насаждался феодальной верхушкой западномонгольского государства Алтын-ханов. Однако в среде рядовых тувинцев он не привился.