В таежных лесах между Уральскими горами и Обью правили князья пелымских, кондинских, ляпинских и обдорских остяков и вогулов. Многие из них, особенно пелымский князь Аблегирим, прославились опустошительными набегами на русские земли. Пелымцы и кондинцы враждовали с жившими восточнее, на правом берегу Оби, кодскими остяками. Кода сразу поддержала пришедших в Сибирь русских. Кодский князь Алачей заключил договор о дружбе еще с дружиной Ермака. Верным союзником России стал сын Алачея Игичей, о котором русские говорили, что он «вож» (проводник) опытный и надежный. Несшие воинскую службу жители Коды были освобождены от уплаты ясака.
После пленения Сейдяка власть России признали все входившие в Сибирское ханство таежные княжества, даже враждебные прежде к русским. Однако когда в 1590 году Кучум совершил свой опустошительный набег под Тобольск, пелымский князь Аблегирим решил ударить на русских с севера, угрожая перерезать дорогу между Сибирью и «коренной» Россией.
До этого, терпя поражение в открытом столкновении с русскими отрядами, пелымские вогулы находили надежное укрытие в соседних болотистых лесах, где правил союзный Аблегириму кондинский князь Агей. Чтобы навсегда покончить с угрозой с севера, надо было лишить враждебных вогулов их лесного убежища. Наступление развивалось в несколько этапов. В Сибирь были переброшены ратники из приуральских земель, где хорошо помнили вогульские набеги. К ним присоединились тобольские казаки, а также верные вогулы из строгановских владений и кодскиег остяки князя Игичея.
В 1593 году этот отряд спустился из Тобольска по Иртышу и Оби до реки Сосьвы и построил там сильную крепость - город Березов, ставший опорным пунктом для последующих военных походов. Летом русские ратники и кодские остяки поплыли из Березова на север - в низовья Оби. Правивший там обдорский князь пытался оказать сопротивление, но его «столица» - городок Войкар - был взят и сожжен. На его месте появилась еще одна русская крепость - Обдорск.
Зимой 1594 года русский отряд выступил из Березова в сторону Конды. Кодский князь Игичей со своими людьми провел царских ратников по замерзшим болотам прямо к резиденции кондинского князя - городку Картаушу. Отряд из Березова вышел с востока в тыл главным силам пелымских вогулов. Одновременно с запада наступал другой русский отряд из основанной на реке Тавде крепости Пелым. Зажатые со всех сторон враждебные вогулы потерпели полное поражение.
Но не всегда русским удавалось одерживать на таежном севере столь убедительные победы. На следующий, 1595 год сам Березов оказался осажденным войском ляпинских остяков, к которым присоединились пришедшие из тундры самоеды. Остяцкие и самоедские воины осыпали город горящими стрелами, защитникам Березова пришлось одновременно бороться с пожарами и отражать вражеские приступы. Полгода держались березовцы в осаде, пока из Тобольска не подошел с отрядом Черкас Александров. Среди вырученных из беды казаков березовского гарнизона был товарищ Александрова по дружине Ермака Алексей Галкин.
Разбитый под Березовым ляпинский князь Шатров Лугуев признал вину и поклялся жить в мире. Однако через 13 лет, в 1607 году, Лугуев нарушил клятву. Ляпинский и обдорский князья договорились напасть на Березов и перебить там русских всех до единого. К заговору присоединился даже верный союзник России - кодский князь. Как знак к восстанию по тайге в соответствии с древним обычаем передавали из рук в руки священную стрелу, украшенную магическими фигурками «шайтанов». Скрытно собираясь, отряды остяцких и вогульских воинов приближались к Березову.
Сын одного из знатных остяков все же сумел сообщить русским об опасности. Вокруг Березова успели выстроить новые укрепления. Вскоре город осадили 2 тысячи вражеских воинов. Им противостояло всего 300 русских ратников. Осада продолжалась два месяца. К счастью, кодские остяки одумались и вновь приняли сторону русских. Ляпинцы и обдорцы потерпели поражение. Их князей Шатрова Лугуева и Василия Обдорского судили и приговорили к казни за измену.
Более опасным врагом для русских оказались самоеды. Самой большой опасности подвергался северный Обдорск, стоявший на границе с тундрой. Оттуда часто накатывали волны самоедских оленных упряжек. Воинственные самоеды были храбрыми воинами, меткими стрелками из луков. Бороться с самоедами в тундре, где не было ни укрытия, ни леса для постройки укреплений, русским было очень трудно. И все же они продвигались все дальше на север, в сторону уже открытой русскими поморами Мангазеи.
Властям не нравилось, что без их ведома и контроля в Сибирь приходят по Студеному морю поморские коми, что в «златокипящей» Мангазее ведется беспошлинная торговля мехами. Кроме того, существовала опасность, что вслед за поморами в Сибирь могут приплыть европейские завоеватели. В полярных водах уже появились английские и голландские корабли.
В 1600 году по указу царя Бориса Годунова в Мангазею был направлен отряд в 90 человек во главе с князем Мироном Шаховским. Путешествие царских ратников было очень тяжелым. Выйдя из Тобольска, они спустились по Оби и вышли в Мангазейское море - Обскую губу. Там речные суда затерло льдами, людям пришлось искать спасения на берегу.
Мангазея. Реконструкция М.И. Белова, О.В. Овсянникова и В.Ф. Старкова
Дружественные остяки дали русским оленей, чтобы добраться до Мангазеи по суше. Однако следом налетели самоеды. Отряд Шаховского потерял 30 человек убитыми, а также всех оленей. Царские ратники двинулись пешком по зимней тундре и, пройдя 300 верст, все же достигли реки Таз, где и был основан «государев» город-крепость Мангазея.
На несколько десятилетий Мангазея стала самым богатым городом Сибири. Каждый десятый добытый здесь соболь шел в царскую казну. Хотя царские власти вскоре запретили «Мангазейский морской ход», который им было трудно контролировать, на север был проложен новый маршрут - через Обь и Обскую губу. Из Мангазеи открывался путь в новые богатые земли. Вверх по реке Таз поднимались до волока на текущую на восток реку Турухан. По нему русские добрались до новой великой сибирской реки - Енисея. На нижнем течении Енисея в 1607 году было построено Туруханское зимовье, выросшее позднее в город Туруханск, называвшийся также Новой Мангазеей.
Мангазейская служба была тяжелой. Много русских погибало в Мангазейском море или в схватках с самоедами. Нашел свою смерть в этом краю и ермаковец Алексей Галкин. Обычными бывали случаи, когда на русские суда, выброшенные бурей на берег, тут же нападали самоеды, убивавшие всех уцелевших. Пиратским нападениям самоедов порой подвергались даже находившиеся на плаву корабли. Неспокойно было и в горах Полярного Урала, по которому проходил «чрезкаменный путь» в Сибирь. Этот путь часто использовали для доставки на Русь добытых в Мангазее мехов. На горных перевалах русских подстерегали самоеды и пытались захватить «государеву соболиную казну».
Особой жестокостью отличалась «юрацкая кровавая самоядь». Юраки вытеснили самодийские племена мангазеев, давших имя краю. Из-за юрацких нападений население города Мангазеи находилось в постоянной опасности, русские боялись выходить поодиночке на охоту и рыбную ловлю. Славившиеся коварством юраки однажды мирно пришли в Мангазею и принесли с собой много бересты, якобы на продажу. Когда же из-за стены взвилась сигнальная стрела, проникшие в город самоеды подожгли бересту. Во многих местах начались пожары. Тут же из тундры в город ворвались сотни юрацких воинов. Вражеская атака была отбита, но половина Мангазеи сгорела.
Самоеды иногда сговаривались о совместных нападениях на русских с остяцкими князьями. Чтобы вымолить у языческих богов победу, приносились человеческие жертвы. Но чаще остяки просили русских о защите от самоедских набегов. В остяцкие поселения на границе с тундрой высылались казачьи дозоры.